D’après le best-seller de John Green, La Face Cachée de Margo est l’histoire de Quentin et de Margo, sa voisine énigmatique, qui aimait tant les mystères qu’elle en est devenue un. Après l’avoir entraîné avec elle toute la nuit dans une expédition vengeresse à travers leur ville, Margo disparaît subitement – laissant derrière elle des indices qu’il devra déchiffrer.
L'Indominus Rex, un dinosaure génétiquement modifié, pure création de la scientifique Claire Dearing, sème la terreur dans le fameux parc d'attraction. Les espoirs de mettre fin à cette menace reptilienne se portent alors sur le dresseur de raptors Owen Grady et sa cool attitude.