ZOOTOPIE 2 permettra de retrouver le savoureux duo de choc formé par les jeunes policiers Judy Hopps et Nick Wilde, qui, après avoir résolu la plus grande affaire criminelle de l'histoire de Zootopie, découvrent que leur collaboration n'est pas aussi solide qu'ils le pensaient lorsque le chef Bogo leur ordonne de participer à un programme de thérapie réservé aux coéquipiers en crise.
En 2075, une petite fille de 10 ans, Iris, voit un mystérieux garçon vêtu d'une combinaison arc-en-ciel tomber du ciel. C'est Arco. Il vient d'un futur lointain et idyllique où voyager dans le temps est possible. Iris le recueille et va l'aider par tous les moyens à rentrer chez lui.